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Nota de actualidad | Por: Instituto Humboldt

Taller en filogenómica aplicada a estudios de evolución y ecología






El Instituto Humboldt, con el apoyo de Colciencias y la Pontificia Universidad Javeriana, realizará el Taller en filogenómica aplicada a estudios de evolución y ecología, dirigido a profesionales y estudiantes de último año de Pregrado, Maestría o Doctorado en Ciencias Biológicas, del 19 al 21 de junio de 2019 en la Pontificia Universidad Javeriana, Bogotá, D.C.

En el desarrollo del taller se proporcionará a los estudiantes una sólida base de conocimientos teóricos y prácticos sobre aspectos fundamentales en inferencia filogenética y evolución molecular.

El instructor invitado al taller es el Dr. Fernando Alda Pons, Profesor del Departamento de Biología, Geología y Ciencias Ambientales en la Universidad de Tennessee en Chattanooga (E.U.A.). https://www.utc.edu/biology-geology-environmental-science/profiles/faculty/zzk968.php

Los interesados en participar deben cumplir con los siguientes requisitos:

1.
Conocimientos básicos en línea de comandos UNIX/Linux o en algún otro lenguaje (por ejemplo: R, Python).

2.
Conocimientos básicos en evolución y sistemática molecular.

3.
Preinscribirse aquí: https://forms.gle/h2C75Xkxrf37dxiFA


La fecha límite para diligenciar el formulario es el viernes, 14 de junio de 2019. Los candidatos seleccionados serán informados por correo electrónico el lunes, 17 de junio de 2019. Aquellos participantes que cumplan con la asistencia completa al taller recibirán constancia electrónica de participación otorgada por el Instituto Humboldt.


Agenda del taller

Miércoles 19 de junio

Mañana (Teoría)
1.
Introducción a la filogenómica

2.
Marcadores genómicos

a.
Captura de secuencias – Exones y Elementos ultraconservados

b.
GBS – RADseq

c.
RNAseq – Transcriptomas

3.
Secuenciación paralela masiva


Tarde (Práctica)
4.
Comandos básicos en Linux y Bash

5.
Formatos de archivos de secuencias

6.
Control de calidad

7.
Ensamblaje


Jueves 20 de junio

Mañana (Teoría)
8.
Procesamiento de las secuencias

a.
Control de calidad

b.
Ensamblaje

c.
Alineamiento

9.
Análisis filogenético

a.
Supermatrices y análisis de secuencias concatenadas

b.
Introducción a la coalescencia

c.
Árboles de especies y árboles de genes


Tarde (Práctica)
10.
Alineamientos

11.
Análisis filogenético

a.
Datos concatenados

b.
Coalescencia


Viernes 21 de junio

Mañana (Teoría)
12.
Trabajo con datos propios.

13.
Otros análisis y actividades (heterogeneidad de árboles de genes, información filogenética, GGI gene genealogy interrogation)